L’arbre permet d’exploiter la verticalité, les différentes strates du sol. Dans un champ conventionnel de blé, la culture puise chaque année ses nutriments dans les trente centimètres supérieurs du sol, celui-ci s'appauvrit. On compense en mettant toujours plus d'engrais et l'on entre alors dans un cercle vicieux. Dans un sol avec un arbre, celui-ci fait office de pompe à nutriment. Ses racines vont les puiser plus profondément, les redistribuent par la décomposition des racines, la chute des feuilles et l’arbre enrichit le sol en créant une litière végétale. On peut optimiser la verticalité du sol avec des cultures puisant les nutriments à des profondeurs différentes : des fraisiers au-dessus, puis du blé et un noyer plus en profondeur. L’arbre permet aussi de décompacter le sol, apporte de l’ombrage et de la biodiversité.